סא”ל יעקב אגסי פיקד על בית הספר אחרי סא”ל אהרן יואלי ממסדר הכנפיים ביולי 1964 ועד אוקטובר 1966.

בתקופה זו גם הוקם כעין גף ללימוד טיסה במסוקים. היו אלה מסוקי בל-47 שהיו שייכים לטייסת 123 שהייתה טייסת להסבת טייסים למסוקים ונמצאה ליד בית הספר.

בתקופה זו נכנסו להדרכה, בהדרגה, מטוסי הפוגה-מגיסטר מתוצרת צרפת שהורכבו בארץ ולאחר תקופה קצרה יוצרו במפעלי התעשייה האווירית.

בשנת 1962 נקלטו בבית הספר לטיסה מטוסי פייפר וותיקים, שהיו למודי קרבות מלחמת העצמאות ומלחמת סיני.

הפייפרים נועדו לטיסות מיון פרחי הטיס בשלב המיון.

.